Šis daugiametis žolinis augalas Lietuvoje pirmą kartą buvo rastas tik 1997 m., o į Raudonąją knygą įrašytas 2000-aisiais.
Paprastai žaliosios kalnarūtės auga kalnų uolų plyšiuose, drėgnose ir ūksmingose vietose. Turbūt todėl kalvotas, griovių ir raguvų išraižytas Neries regioninio parko reljefas ir patiko šiam retajam augalui.
